国家博物馆诞生于1824年7月4日，时任副总统的弗朗西斯科·德保桑坦德下令建设。这里是植物科考队远征的第一站。馆里珍藏了大约2万件文物和艺术品。1948年5月2日，国家博物馆迁址到康迪纳马卡（Cundinamarca）大楼的原中央教养所内。