国立博物館の誕生は、1824年7月4日に、当時の副大統領であったFrancisco de Paula Santanderが建設の完了を宣言した時にさかのぼります。その最初の場所は、植物探検調査の本拠地でした。博物館は約2万点の工芸品、骨董品、美術品を所蔵し、1948年5月2日以来、クンディナマルカ ビルの旧中央刑務所内に存在します。