Al visitar el Museo Paleontológico de la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional se obtiene una prueba de que la región donde descansa Villa de Leyva era un mar. Allí se exhiben fósiles de animales prehistóricos como el plesiosaurio, el ictiosaurio y el cronosaurio, que vivieron en esta zona entre 130 y 65 millones de años atrás. Aquí también hay restos de amonites y bivalvos, entre otros.